De nuevo en Segunda División, el conjunto blanquiazul sufre para mantener la categoría en la edición 46/47, mejora ostensiblemente en la 47/48 siendo cuarto y en la temporada 48/49 siendo presidente Manuel Navarro Nogueroles y técnico Luís Urquiri, se consigue el ascenso a Primera División tras ser subcampeón igualado a puntos con la Real Sociedad de Fútbol y el Granada C.F. Sus mayores goleadas conseguidas en la máxima categoría española son un 6-0 como local al Real Betis Balompié en la temporada 1936-37 y un 0-5 a domicilio al mismo conjunto en la temporada 2006-07. En cambio las mayores goleadas recibidas son un 1-8 en Pamplona frente al Athletic Club en la campaña 1958-59, camiseta atlético de madrid 2025 y un 8-0 como visitante frente al Real Madrid Club de Fútbol y el Fútbol Club Barcelona en 1958-59 y 2011-12 respectivamente.
